《微生物学通报》为中文核心期刊，中国科技核心期刊，CSCD核心期刊，并在新闻出版署设立的“中国期刊方阵”中被列为“双效”期刊。

收录情况：

    《剑桥科学文摘(美)》(CSA)

    《化学文摘（美）》(CA)

    《哥白尼索引》(IC)

     中国科学引文数据库(CSCD) 2023-2024 （点击下载）

     中文核心期刊(北京大学图书馆) 2023  （点击下载）

     中国知网(CNKI) 2023  （点击下载）