摘要:【背景】肽核苷类抗生素杀稻瘟菌素(Blasticidin S，BS)生物合成途径的最后一步是亮氨酰杀稻瘟菌素(Leucylblasticidin S，LBS)水解成熟为BS，BS原始产生菌灰色产色链霉菌和异源表达菌株变铅青链霉菌WJ2清洗过的细胞均能催化这一步反应。前期我们确定在这两种菌中都含有编码3个氨肽酶PepN同源蛋白的基因，其中编码产物PepN1主要负责水解LBS和亮氨酰脱甲基杀稻瘟菌素(Leucyldemethylblasticidin S，LDBS)，且催化效率相当。但是，相比于原始产生菌只积累BS这一种组分，异源表达菌株变铅青链霉菌WJ2还积累了LBS和LDBS，这意味着原始产生菌与WJ2中PepN1的水解活性存在差异。【目的】研究PepN1在两个菌株中的表达和分泌对BS组分的影响。【方法】利用PepN1的多克隆抗体，通过蛋白免疫印迹法(Western blot)比较不同生长时间的原始产生菌和异源表达菌株在细胞内、细胞培养液中PepN1的表达水平。硫酸铵沉淀收集两种菌株培养液中的蛋白，通过Western blot检测PepN1的存在并在体外检测水解活性。【结果】原始产生菌第2?6天细胞内PepN1水平基本没有变化，而异源表达菌株自第4天起细胞内PepN1开始减弱，到第6天完全消失；另一方面，Western blot在原始产生菌细胞培养液中检测到PepN1，而在异源表达菌株中却没有检测到。细胞培养液水解LDBS的活性与Western blot检测到的PepN1表达水平相一致。【结论】BS原始产生菌能持续表达合成PepN1并将一部分PepN1分泌到细胞外，而异源表达菌株WJ2从第4天起则停止合成PepN1，第2?6天的细胞均不能将PepN1分泌到细胞外，这导致WJ2中积累亮氨酰化的产物。两个菌株清洗过的细胞均可以水解LDBS和LBS，推测在WJ2体内消失的PepN1分泌到细胞壁上但没有释放到溶液中，这部分PepN1可以在WJ2中将部分LDBS和LBS水解成对应的DBS和BS。

摘要:【背景】类鼻疽杆菌是一种能够引起人类疾病甚至死亡的胞内寄生菌，Ⅲ型分泌系统在该菌入侵上皮细胞、逃避宿主免疫以及毒力因子的分泌过程中发挥重要作用，其中bopA基因为TTSS-3基因编码的重要效应蛋白，在类鼻疽杆菌的免疫逃逸中发挥重要作用。【目的】构建类鼻疽杆菌bopA基因敲除菌株，并对其生物学特征进行初步研究。【方法】构建pK18mobSacB-ΔbopA自杀质粒，通过大肠杆菌S17-1λpair以接合的方式转入类鼻疽杆菌，利用同源重组敲除了bopA基因，并用蔗糖平板筛选出菌株，最后在细胞和动物水平检测敲除菌株的表型变化。【结果】构建了bopA敲除的类鼻疽菌株，并通过细胞和动物实验证实敲除bopA基因后，细菌的细胞侵袭和胞内存活以及体内定殖能力都显著降低。【结论】利用同源重组成功构建类鼻疽bopA基因敲除株，为深入研究该基因的作用靶点奠定了实验基础。

摘要:【背景】植物病原真菌丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase，MAPK)信号途径参与病菌有性生殖、细胞壁完整、菌丝侵染、致病力、胁迫响应等过程，灰葡萄孢MAPK信号途径参与病菌生长发育、致病力以及胁迫响应，但MAPK信号途径基因在灰葡萄孢中的功能尚未完全阐明，该信号途径对灰葡萄孢的生长发育和致病力的调控机制尚不明确。【目的】明确灰葡萄孢MAPK编码基因bmp1、bmp3在病菌生长发育、致病力以及氧化胁迫响应过程的功能，为进一步阐明MAPK信号途径调控灰葡萄孢生长发育和致病力的分子机制奠定基础。【方法】利用RNAi技术构建灰葡萄孢MAPK编码基因bmp1和bmp3的RNAi突变体，并以野生型BC22菌株为对照，对bmp1和bmp3基因的RNAi突变体的表型、致病力以及对氧化胁迫的敏感性进行分析。【结果】灰葡萄孢bmp1和bmp3基因的RNAi突变体其菌落形态、菌丝形态均与野生型BC22菌株没有明显差别；bmp1基因的RNAi突变体生长速率明显减慢，分生孢子产量明显降低；bmp3基因的RNAi突变体的生长速率与野生型BC22菌株没有明显差别，不能产生分生孢子。bmp1和bmp3基因的RNAi突变体在番茄果实的表面均不能产生明显的致病症状，而且不能穿透玻璃纸。bmp1基因的RNAi突变体在含有H2O2的培养基上受抑制的程度显著低于野生型，而在含甲萘醌的培养基上受抑制的程度显著高于野生型；bmp3基因的RNAi突变体在含有H2O2和甲萘醌的培养基受抑制的程度均显著高于野生型。【结论】灰葡萄孢bmp1基因正调控病菌生长、分生孢子形成、致病力和穿透能力，参与调控病菌对氧化胁迫的响应；灰葡萄孢bmp3基因正调控病菌分生孢子形成、致病力、穿透能力以及对氧化胁迫的响应。

摘要:【背景】绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis) GP72是一株可生产吩嗪类抗生素吩嗪-1-羧酸(PCA)和2-羟基吩嗪(2-OH-PHZ)的生防根际促生菌。基因组比对发现GP72菌中存在aurI/aurR双元调控系统。【目的】研究该系统对GP72中吩嗪类物质的调控作用。【方法】将aurI基因在大肠杆菌中异源表达，用紫色杆菌CV026和根癌农杆菌NTL4做显色实验。构建基因敲除菌株和回补菌株，发酵测量突变株的生长曲线与总吩嗪产量。构建转录融合质粒，测定吩嗪合成基因启动子的转录水平。【结果】显色实验显示，aurI能产生多种信号分子，使CV026显紫色、NTL4显蓝色。分别单独敲除aurI和aurR基因，同时敲除aurI/aurR基因，吩嗪产量均会升高，而回补菌株吩嗪产量降为野生型水平。β-半乳糖苷酶活性测定结果显示，突变株的酶活比野生型高。【结论】aurI/aurR负调控GP72的吩嗪合成，通过抑制吩嗪合成启动子的转录而影响吩嗪类物质的产量。

摘要:【背景】cutR/cutS双组分调控系统在链霉菌次级代谢过程中起重要作用。【目的】通过同源重组的方法在野生型S015菌株中分别敲除cutR和cutS，构建单基因缺失突变株，研究cutR/cutS双组分调控系统对洛蒙真菌素合成的调控。【方法】对突变株及野生型菌株的发酵产物进行高效液相色谱法(High performance liquid chromatography，HPLC)分析，通过qPCR测定基因表达量的变化。【结果】HPLC产物分析发现，S015ΔcutR和S015ΔcutS中洛蒙真菌素产量分别达到了128.1±26.4 mg/L和61.8±4.5 mg/L，分别为野生型S015产量的11.5倍和5.5倍。qPCR检测发现，S015ΔcutR突变株中lomo14、lomo10、lphzB、lphzC、lphzE和lphzG的表达量分别达到野生型的1 151.7±88.8、110.5±5.8、129.3±7.7、380.2±34.6、348.2±42.1和299.8±38.2倍；S015ΔcutS突变株中lomo14、lomo10、lphzB、lphzC、lphzE和lphzG的表达量分别达到野生型的4.3±0.5、2.2±0.2、9.3±0.9、10.3±0.6、20.7±1.5和20.4±0.8倍。【结论】cutR/cutS双组分调控系统在洛蒙德链霉菌的洛蒙真菌素合成过程中对其合成途径核心基因和侧链修饰基因的表达有抑制作用，从而抑制其合成。

摘要:【背景】双分子荧光互补(Bimolecular fluorescence complementation，BiFC)在水稻恶苗病菌(Fusarium fujikuroi)等微生物蛋白互作中的应用已有报道，但在工业菌株米曲霉(Aspergillus oryzae)中还未见应用。【目的】探究米曲霉中Fus3和Ste12蛋白在生长发育中可能存在的相互作用关系，建立在米曲霉活细胞中检测蛋白互作的方法，即BiFC体系。该系统可用于特异性、可视化米曲霉目标蛋白在活细胞中的定位，并且可以更加直观地探究蛋白之间是否存在相互作用。【方法】利用Multisite Gateway复杂载体构建技术，使用切开的绿色荧光蛋白，将荧光蛋白分子的两个片段N端和C端分别与米曲霉Fus3和Ste12蛋白融合，对获得的转化株进行荧光观察。通过BiFC系统检测蛋白之间的相互作用。【结果】成功转化的米曲霉菌丝中观察到荧光，Fus3和Ste12在米曲霉中存在相互作用。【结论】通过BiFC技术证实蛋白质Fus3和Ste12在无性繁殖菌株米曲霉体内发生互作，暗示它们通过互作可能参与除了有性生殖之外的其他细胞功能，并为米曲霉蛋白互作功能研究提供一种新的检测技术和方法。

摘要:【背景】谷氨酸棒状杆菌的基因敲除系统较为匮乏且效率不高，难以对其进行代谢工程改造，不利于高性能工业菌株的构建及规模生产。【目的】分别采用CRISPR-Cpf1和Cre/loxP基因敲除系统对谷氨酸棒状杆菌ATCC 13032 (Corynebacterium glutamicum ATCC 13032)基因组上的argR和argF基因进行敲除，比较两种敲除方法的优缺点，为合理选择敲除系统提供依据。【方法】特异性重组的Cre/loxP敲除系统是首先利用同源重组将基因组上的靶基因替换为两端带有重组位点loxP的kanR片段，然后由重组酶Cre识别loxP位点并发生重组反应，从而去除替换到基因组上的kanR片段，进一步利用质粒的温敏特性将其消除，从而实现靶基因的敲除。CRISPR-Cpf1敲除系统是利用Cpf1对pre-crRNA进行加工，形成的成熟crRNA引导Cpf1识别和结合到靶DNA的特定序列上并切割双链DNA分子，通过同源重组作用去除靶基因，基于质粒自身的温敏特性将其消除，从而完成基因敲除的整个过程。【结果】Cre/loxP系统可在8N+2 d内完成N轮迭代基因敲除，而CRISPR-Cpf1系统可在5N+2 d内完成N轮迭代基因无痕敲除，理论上还可以一次对多个靶位点进行编辑，效率更高，但存在同源重组效率较低、假阳性率高等缺点。【结论】与Cre/loxP系统相比，CRISPR-Cpf1辅助的同源重组基因敲除方法可省时、省力地实现基因的无痕敲除，理论上还可实现多个基因的同时敲除、总体效率更高，然而编辑效率还有提高的空间。

摘要:【背景】物种间相互作用是物种进化的重要推动力，然而如何将基因型和表型关联以及确定在物种相互作用过程中起重要作用的基因均面临挑战。【目的】通过系统作图(Systems mapping)得到两种微生物在相互作用过程中起重要作用的SNPs (Single nucleotide polymorphism)，以及随着时间的变化，这些SNPs是如何相互联系进而影响大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的相互作用。【方法】分别对45株大肠埃希菌、45株金黄色葡萄球菌进行单独培养和混合共培养，通过实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR，qPCR)进行绝对定量，得到一定时间内各个菌株的生长量，比较相同菌株在不同培养条件下生长情况，以各个菌株重测序结果为基础，结合系统作图得到在相互作用过程中起重要作用的显著SNPs及其相互联系。【结果】通过系统作图分析，获得具有54对显著SNPs组合的三维曼哈顿图，这些组合中41个显著SNPs来自大肠埃希菌，12个显著SNPs来自金黄色葡萄球菌。在上述SNPs中已有6个SNPs所在的候选基因都可以直接或者间接影响微生物的生长量变化，从而影响两种微生物相互作用方式。它们分别是nhaR (E19056)参与生物膜的形成，rhlE (E832164)与核糖体的组装有关，csiD (E2789300)的表达可以使细胞面对恶劣环境，alkB (E2309274)可以参与DNA的损伤修复，sucA (E759230)和yjjW (E4614704)都参与细胞的代谢过程。【结论】系统作图可以检测到物种在相互作用过程中显著SNPs；物种相互作用过程中不同SNPs遗传效应随着时间变化；细菌的相互作用过程是直接遗传效应、间接遗传效应和上位性效应共同产生的结果。

摘要:微生物遗传学是一门具有悠久历史的学科，微生物遗传学研究不仅为遗传学中一些基本理论的阐明奠定了基础，还有力推动了分子生物学的发展。从DNA是遗传物质的证明，到“一个基因一种酶”的假说，再到近年来的CRISPR/Cas9基因编辑技术，都离不开微生物遗传学的发展。随着基因组测序技术的迅猛发展，微生物遗传学也迎来了全面快速发展的时期，我国微生物遗传学研究在与微生物生理代谢、微生物组学、环境微生物学、合成生物学等学科的交叉融合中取得了长足进步。《微生物学通报》本期推出了“微生物遗传学主题刊”，旨在展现我国微生物遗传学研究的最新进展和成果，促进我国微生物遗传学的交流和发展。

摘要:细菌药物耐受(drug tolerance)是指在没有发生耐药突变的情况下细菌耐受抗生素杀菌的能力，表现为细菌群体难以或不能被杀菌型药物清除。细菌药物耐受的调控机制包括群体异质性和压力应答两种途径。药物耐受性的本质是细菌通过调控或遗传突变的方式改变生理代谢状态，从而抵制药物引起的细胞死亡途径。比如，处于缓慢生长或生长停滞生理状态的细菌往往能够抵抗药物的杀菌作用。临床研究发现细菌药物耐受是导致持续性感染疾病迁延难愈、复发率高的病原学机制之一。同时，研究证明耐受性的形成是细菌耐药性(drug resistance)产生的进化途径之一。因此，揭示细菌药物耐受的机制将有助于人们深入了解抗生素的杀菌机理，以及细菌耐药性形成的适应性进化机制，并为新型杀菌药物以及药物增效剂靶标的发现和抗生素合理使用策略的开发奠定理论基础。

摘要:我国细菌耐药现象十分普遍，多重耐药甚至泛耐药的菌株不断出现，给公共卫生和食品安全造成了重大威胁。随着人类活动以及农业畜牧业的发展，在物理和生物作用力之下，医疗行业和养殖业对环境产生了很大的负面影响，导致养殖动物及其相关环境中存在大量的耐药基因/耐药细菌。医疗行业、动物养殖、自然环境三者在耐药菌的传播和发展中是相互影响、互相作用的有机整体，耐药基因可以借助基因水平转移等方式在人、动物和环境中循环传播，增加了人类摄入耐药基因的风险。面对此类公共卫生问题，传统单一化的卫生工作系统已很难有效地解决这类挑战，急需多学科、多领域的合作来共同应对。文中对我国临床、动物和环境中的细菌耐药现状以及耐药菌在其中的传播和遗传机制进行了综述，以期为细菌耐药研究提供参考。

摘要:碱基编辑器是近两年发展起来的新型基因组编辑工具，它将碱基脱氨酶的催化活性和CRISPR/Cas系统的靶向特异性进行结合，催化DNA或RNA链上特定位点的碱基发生脱氨基反应，进而完成碱基的替换。碱基编辑器分为DNA和RNA碱基编辑器两大类，其中DNA碱基编辑器分为两种：胞嘧啶碱基编辑器和腺嘌呤碱基编辑器；前者可以实现胞嘧啶到胸腺嘧啶的转换，而后者则可以将腺嘌呤突变为鸟嘌呤。由于DNA碱基编辑器不会造成DNA的双链断裂(DSB)，也不依赖于宿主的非同源末端修复和同源重组途径，因此，大大减少了DSB相关的编辑副产物，如小片段插入或缺失等。基于CRISPR/Cas系统的RNA碱基编辑器，可以实现RNA链上腺嘌呤核苷到次黄苷的转换。本文对不同类型碱基编辑器的开发过程、适用范围和编辑特点等进行梳理，并对其在细菌基因组编辑中的应用进行了介绍；最后简要探讨了细菌中碱基编辑器的缺点以及将来可能的研究方向。

摘要:亲缘识别是细菌细胞间竞争与合作的前提和基础。细菌通过亲缘识别分辨自我细胞和非自我细胞；非同类的细菌细胞相互分离或被排除，而亲缘种群内的细菌细胞进行群体运动、生物膜和子实体形成等社会性合作行为。细菌的自我识别机制可能有助于不同亲缘类群在混杂的自然系统中的共存。近些年来，细菌亲缘识别及相互作用的机制研究工作成为热点，本文总结了近缘细菌细胞间相互识别和作用机制的研究进展。

摘要:蛋白质分泌系统是细菌与外界交流的重要工具。革兰氏阴性细菌的VI型蛋白分泌系统(T6SS)可以转运分泌蛋白至细菌和真核细胞内，在菌间竞争中发挥重要作用，是细菌的一种重要的生存适应性武器。分泌蛋白主要包括起到运载作用的结构蛋白和有细胞毒性的效应蛋白这两类。本文主要从效应蛋白的视角讨论T6SS如何识别并转运效应蛋白的作用机理，回顾了以VgrG和PAAR为端部载体蛋白的转运途径、依赖端部运输的效应蛋白、T6SS伴侣蛋白等重要发现的背景和过程，并综述了T6SS分泌途径的新进展。

摘要:近年来，随着第二代高通量测序技术的出现和发展，测序成本不断降低，完成全基因组测序的真菌物种迅速增加。以大规模测序为基础的群体基因组学，也逐渐应用于解析真菌的群体结构、物种形成、种群分化和位点特异性效应。本文综述了群体基因组学在工业真菌、病原真菌、食用真菌、共生真菌及其在表型性状遗传基础解析中的研究进展，并对其今后的发展方向进行了展望。

摘要:DNA复制是最基本的生命活动之一。DNA复制本身的错误及其过程控制的异常是细胞内基因组不稳定的主要来源，会导致细胞生长异常、衰老、癌变乃至死亡。为了保证基因组DNA能够精确且完整的复制，DNA复制受到严格的调控。在G1期，DNA复制解旋酶的核心组分Mcm2-7复合体被招募到复制起点，获得复制许可资格。进入S期后，在两个周期性蛋白激酶及多个支架蛋白的作用下，复制解旋酶的激活因子Cdc45和GINS复合体被招募至Mcm2-7，形成解旋酶全酶Cdc45-Mcm2-7-GINS (CMG)复合体。随后，众多复制相关蛋白在精准的时空控制下被招募至CMG平台并组装成复制机器，起始DNA双向复制。当相向而行的两个复制叉相遇，复制机器会从DNA链上解离下来，从而完成DNA复制。关于DNA复制过程的研究在近十年来取得了跨越式的突破。本文以酿酒酵母为例，围绕所有真核生物中都高度保守的DNA复制控制开关——CMG解旋酶，对真核生物DNA复制的最新进展进行综述。

摘要:铜绿假单胞菌是临床上重要的条件致病菌，具有多种毒力因子且极易产生耐药性。Ⅲ型分泌系统(Type III secretion system，T3SS)是铜绿假单胞菌中重要的毒性因子分泌系统，该菌通过Ⅲ型分泌系统将多种毒力因子注入到真核宿主细胞内并逃逸宿主细胞免疫系统的清除，引起宿主细胞相应的病理变化。对Ⅲ型分泌系统的研究，不仅有助于明确铜绿假单胞菌的致病机理，更可为临床治疗和药物研发提供理论基础。本文主要对铜绿假单胞菌中Ⅲ型分泌系统的结构、功能、调控机制以及针对性治疗策略等方面的研究进行了综述。

摘要:食气梭菌是一类主要的化能自养微生物，可利用二氧化碳(CO2)和一氧化碳(CO)合成多种化学品和燃料，具有良好的工业应用前景。天然的食气梭菌吸收、固定和转化一碳气体速率较慢，能量代谢效率低且高值产物种类少。近年来，随着组学、分子遗传学工具以及生化分析技术的快速发展，食气梭菌的生理代谢特点及其相关分子机制、代谢工程设计、改造和发酵工艺等方面都得到广泛而深入的研究。本文针对近年来食气梭菌的研究进展进行了梳理和总结，以期能为这类重要工业微生物的基础和应用研究，以及一碳气体的生物转化利用提供参考。

摘要:根瘤菌-豆科植物共生固氮体系对农业的可持续性发展至关重要，也是研究原核与真核生物互利共生的模式体系之一。长期以来，根瘤菌共生固氮相关研究主要集中在结瘤因子与固氮酶合成及调控等少数关键基因，但仅获得这些关键基因却不能保证细菌获得结瘤固氮能力。随着比较和功能基因组学的快速发展和应用，越来越多的研究发现根瘤菌使用了很多系统发育分支特异的遗传机制与豆科植物建立有效的共生关系，进一步揭示了双方互利共生的复杂性。本综述总结了近年来比较基因组学、遗传学以及实验进化等方面的相关研究进展，在此基础上讨论根瘤菌共生固氮能力的进化模式。

摘要:冰岛硫化叶菌是古菌研究中常用的模式菌株，为人们研究古菌复制、细胞周期以及CRISPR-Cas系统等作出了巨大贡献。冰岛硫化叶菌遗传操作体系的建立与完善对古菌学的全面深入研究起至关重要的作用。本文介绍了冰岛硫化叶菌遗传操作体系所使用的质粒载体、筛选标记和转化方法，论述了目前广泛使用的两类冰岛硫化叶菌基因敲除体系。最后提出了现有冰岛硫化叶菌基因操作体系存在的主要问题，并对其发展方向进行了展望。

摘要:放线菌是天然抗生素的重要来源，放线菌中存在着种类繁多的转录因子，精细控制着作为次级代谢产物的抗生素生物合成。作为原核生物单组分信号传递系统中的一个重要家族，TetR家族转录调控因子(TetR family transcriptional regulators，TFRs)广泛参与调控抗生素生物合成、药物外排、初级代谢等多种生理过程。本文综述了近几年放线菌TFRs的研究进展，并结合本实验室的研究工作，从TFRs作用靶基因的角度着重阐述了放线菌TFRs参与几种重要抗生素生物合成的分子调控机制，概述其应答的配体，并总结与展望了放线菌TFRs在抗生素产量提高、沉默基因簇激活、调控元件设计与开发等方面的应用进展。

摘要:近些年全球结核病疫情愈发严重，耐药性结核病使其雪上加霜。一个重要原因是结核病新药的匮乏以及结核分枝杆菌相关基础研究的不足。因此迫切需要开发新的技术以促进结核病系统生物学基础研究，并在此基础上研究新机制，发现新靶标，开发新药物。结核分枝杆菌功能蛋白质组芯片的出现旨在促进结核病相关研究工作。考虑到结核分枝杆菌高毒力、复制周期长和需要在生物安全三级实验室中开展研究等特点和难点，该工具为结核病相关研究人员提供了一个强有力的武器。目前这一技术手段的应用已经使我们对结核分枝杆菌-宿主相互作用、小分子-蛋白结合以及抗生素耐药性机制等关键生物过程有了更深入的了解。为了更好地帮助同行了解这一有效的工具，本文综述了结核分枝杆菌功能蛋白组芯片的几种主要应用，期望同行专家能更好地将其应用于结核病相关的基础研究中。

摘要:非典型角蒽环聚酮化合物是一类经过氧化重排反应形成的具有独特骨架结构的芳香聚酮类化合物。近年来的研究表明，尽管此类化合物具有多种多样的骨架结构，它们都是由共同的生物合成中间体dehydrorabelomycin生成的。一个独特的加氧酶家族(称为非典型角蒽环氧化开环酶)催化了dehydrorabelomycin的氧化碳?碳键断裂与重排反应。尽管这些酶属于同一个蛋白质家族，催化相同的底物发生氧化开环反应，但是通过不同的重排方式形成了对应于各自生物合成终产物的骨架结构，对这类化合物最终结构的形成起到了关键作用。对这一家族的加氧酶进行深入的催化功能与反应机理研究，不仅有助于对已知芳香聚酮的结构改造与新颖骨架结构芳香聚酮的发现，也有助于加深对于蛋白质序列进化与功能演化的认识。