科微学术

微生物学通报

  • 2016年第43卷第10期文章目次
    全 选
    显示方式: |
    • >封面
    • 2016, 43(10).

      摘要 (969) HTML (0) PDF 23.77 M (1515) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >目录
    • 2016, 43(10).

      摘要 (980) HTML (0) PDF 899.96 K (1179) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >经验交流
    • 植物乳杆菌CLP0279产低温超氧化物歧化酶发酵条件的优化

      2016, 43(10):2314-2320. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150689

      摘要 (1205) HTML (814) PDF 789.79 K (1970) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >主编点评
    • 泸型酒酒醅中梭菌群落的研究

      2016, 43(10):2321-2321. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.168010

      摘要 (1224) HTML (660) PDF 162.94 K (1762) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >主编点评文章
    • 泸型酒酒醅中梭菌群落的发酵演替规律和功能预测

      2016, 43(10):2322-2329. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160110

      摘要 (1630) HTML (801) PDF 1.90 M (2279) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】研究泸型酒酒醅中梭菌(Clostridia)群落的演替规律,探讨梭菌群落在酒醅发酵过程中的潜在功能。【方法】利用实时荧光定量PCR技术结合高通量测序技术研究不同发酵时间泸型酒酒醅中梭菌丰度变化;通过梭菌16S rRNA基因序列高通量测序数据分析揭示梭菌群落演替规律,并运用LEfSe分析找出标志性OTU;通过PICRUSt分析对梭菌功能组成进行预测。【结果】泸型酒发酵过程酒醅中梭菌的生物量在发酵14 d上升至最高 (3.46×107 copies/g),梭菌占总细菌的相对丰度在发酵20 d达到最高(6.67%);对梭菌群落结构的聚类分析结果表明,发酵7 d的酒醅梭菌群落结构显著区别于其他发酵时间,主要体现为存在17个标志性OTU,其中大部分分类学地位尚不明确;PICRUSt分析显示梭菌主要参与氨糖与核糖代谢、磷酸戊糖途径,其次是果糖和甘露糖代谢、TCA循环、糖酵解途径、丙酸及丁酸代谢。【结论】泸型酒酒醅中梭菌的生物量和占细菌的相对丰度在发酵开始后的2?3周内逐渐达到最高,而梭菌群落的结构则在发酵1周内便发生了显著改变,并在发酵2?3周内趋于稳定。在发酵2?3周时有较多与丙酸、丁酸等风味物质代谢相关的基因在酒醅梭菌中被预测到。

    • >回顾点评
    • 异养硝化细菌的生物脱氮

      2016, 43(10):2330-2330. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.169010

      摘要 (1139) HTML (818) PDF 236.77 K (1795) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >工业微生物学
    • 高分子量腈水合酶在大肠杆菌中的表达策略及重组菌的细胞催化

      2016, 43(10):2121-2128. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150912

      摘要 (1286) HTML (687) PDF 533.19 K (2425) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】实现红球菌Rhodococcus rhodochrous J1来源的高分子量腈水合酶H-NHase在Escherichia coli BL21(DE3)中过量表达,以提高菌体总酶活,缩短菌体发酵周期,提高生产效率。【方法】将H-NHase中编码α亚基的基因nhhA和调控基因nhhG上游的核糖体结合位点(Shine-Dalgarno sequence,SD)替换成翻译起始强度更高的异源SD,同时优化各亚基之间间隔序列的长度,并根据大肠杆菌密码子偏好性对目的基因进行优化。通过E. coli重组表达系统过表达优化后的腈水合酶基因。采用离子交换层析对H-NHase进行纯化,并通过凝胶过滤层析确定重组酶的相对分子量。优化了全细胞催化条件,并建立底物恒速流加的细胞催化工艺,模拟了烟酰胺的生产工艺。【结果】H-NHase在E. coli中实现了过量表达。重组蛋白粗酶液的活性为85.5±4.3 U/mg,纯酶比活为234.0±11.7 U/mg,H-NHase相对分子质量为504.5±9.8 kD。细胞催化最适pH为7.5,最适温度为25 °C,底物浓度为400 mmol/L。在此条件下,重组菌细胞酶活为256.0±10.4 U/mL,流加工艺最终的产物转化率可达99.9%。【结论】重组H-NHase大肠杆菌细胞生长迅速,发酵周期短,应用此重组菌进行细胞催化可以提高酰胺类物质的生产效率,具有潜在的工业价值。

    • >海洋微生物学
    • 植物乳杆菌CLP0279发酵生产低温SOD培养基的优化

      2016, 43(10):2129-2137. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150688

      摘要 (1264) HTML (685) PDF 801.04 K (2107) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】提高植物乳杆菌CLP0279发酵生产低温超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)的能力。【方法】在单因素实验基础上,采用Plackett-Burman (PB)设计、Box-Behnken (BB)设计和响应面分析法(RSM),对发酵培养基进行优化。【结果】植物乳杆菌CLP0279产低温SOD最佳发酵培养基(g/L):玉米粉25.000,磷酸二氢钾2.600,磷酸氢二钾1.830,硫酸铜0.011,硫酸锌0.014。在最佳培养基条件下产酶活力达到194.82 U/ml,是优化前的1.36倍。【结论】通过响应面分析,对植物乳杆菌CLP0279发酵生产低温SOD的培养基进行优化,明显提高了产酶能力。确定了磷酸氢二钾、硫酸铜和硫酸铵为发酵培养基中影响酶活的3个关键因子。研究结果为SOD的发酵放大提供了依据。

    • >环境微生物学
    • 塔里木盆地胀果甘草内生放线菌多样性及抗菌活性分析

      2016, 43(10):2138-2147. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150914

      摘要 (1382) HTML (580) PDF 991.44 K (2139) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】发掘具有开发前景的放线菌资源,对分离自新疆胀果甘草的内生放线菌的多样性、抗菌活性和次级代谢产物合成相关基因进行研究。【方法】采用5种培养基和3种前处理方法,从胀果甘草中分离获得80株放线菌。基于菌株形态学特征,对36株代表菌株进行抗菌活性检测,通过特异性引物扩增方法,检测了PKS I、PKS II、NPRS和卤化酶基因,探究其合成天然产物的潜在能力。结合筛选结果,选取其中20株代表菌,经16S rRNA基因测序,对其进行系统发育分析。【结果】培养基E2和E3结合热处理的分离效果较好;86.1%的代表菌株对供试的细菌、病原真菌表现出了不同程度的抗菌活性,PKS I、PKS II、NRPS基因和卤化酶基因阳性检出率分别为16.7%、72.2%、25.0%和11.1%。具有活性功能的代表菌株经16S rRNA基因测序分析,分别属于链霉菌属(Streptomyces)、小单胞菌属(Micromonospora)、红球菌属(Rhodococcus)和游动放线菌属(Actinoplanes) 4个属,其中链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属,占60%以上。【结论】胀果甘草是我国传统的药用植物,其植株内部蕴藏着丰富的放线菌资源,并在次生代谢产物合成方面拥有巨大潜力,具有进一步开发的价值。

    • 3种野生牛肝菌的菌塘土壤细菌多样性

      2016, 43(10):2148-2153. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150823

      摘要 (1753) HTML (725) PDF 347.59 K (2535) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】以远东疣柄牛肝菌(Leccinum extremiorientale)、美味牛肝菌(Boletus edulis)和小孢粉孢牛肝菌(Tylopilus microsporus)菌塘为研究对象,揭示其菌塘土壤细菌的菌群多样性。【方法】通过高通量测序方法,分析这3种野生牛肝菌菌塘土壤细菌的菌群结构及多样性。【结果】远东疣柄牛肝菌菌塘土样中的主要细菌类群为变形杆菌门(53.6%)、酸杆菌门(33.8%)、拟杆菌门(4.7%)、放线菌门(1.7%);美味牛肝菌中主要类群为酸杆菌门(40.7%)、变形杆菌门(38.1%)、拟杆菌门(10.3%)、放线菌门(3.1%);小孢粉孢牛肝菌中酸杆菌门(65.3%)、变形杆菌门(23.8%)、拟杆菌门(4.9%)为主要类群。细菌在属级分类水平上,远东疣柄牛肝菌菌塘主要属中69.8%为未知属,其余为伯克氏菌属Burkholderia (16.0%)、酸杆菌门中的Candidatus Solibacter (5.9%)和酸孢菌属Acidocella (3.3%)。美味牛肝菌中主要的属分布在未知类群(83.0%),此外,还有Candidatus Solibacter (8.0%),伯克氏菌属Burkholderia (2.1%)。小孢粉孢牛肝菌菌塘中,分别为未知类群(80.9%)和Candidatus Solibacter (12.6%)。【结论】3种牛肝菌菌塘土壤中细菌类群具有丰富的多样性,其中含有大量未知类群。

    • 中国大陆地区丛枝菌根真菌菌种资源的分离鉴定与形态学特征

      2016, 43(10):2154-2165. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150921

      摘要 (1717) HTML (682) PDF 331.74 K (3084) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】分离收集保藏中国大陆各个地区不同生态环境的丛枝菌根真菌菌种资源,为丛枝菌根的研究提供资源、奠定基础。【方法】以高粱为宿主植物,采用诱导培养、单孢培养和扩繁培养分离土壤样品中的丛枝菌根真菌菌种并鉴定。【结果】从我国大陆的45个地区50余种宿主植物根区土壤中分离到丛枝菌根真菌135株,隶属于23个种;对各个菌株的形态特征进行了描述。【结论】我国蕴藏着丰富的丛枝菌根真菌菌种资源,文中描述的菌种资源是目前从我国大陆地区获得的种类和数量最多、覆盖范围最广的AM真菌菌种资源。

    • 深圳地区环境水体和人群中诺如病毒监测与分析

      2016, 43(10):2166-2171. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.151037

      摘要 (1283) HTML (646) PDF 634.37 K (2011) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】检测深圳地区环境水体和人群的诺如病毒(NoVs),探讨其是否在两者之间循环传播。【方法】2014年3月至2015年2月检测24份深圳茅洲河河水标本和287份腹泻患者粪便标本。河水标本经过混合纤维素酯膜和PEG法二次浓缩后提取核酸,粪便标本无需浓缩,稀释离心后直接提取核酸。应用实时荧光逆转录PCR初步分型,RT-PCR扩增ORF2保守区域衣壳蛋白(VP1)基因后测序确定亚型、分析不同来源病毒的同源性;同时建立基因进化树,进一步分析不同来源NoVs的亲缘关系。【结果】在河水标本和腹泻患者粪便标本中,NoVs阳性率分别为23.1%和17.4%,其中上下游河水标本阳性率分别为8.3%和41.7%,河水中NoVGI型和NoVGII型的阳性率为16.7%和8.3%。扩增阳性样本发现茅洲河水中检出NoV主要是GI.6型,其次是GII.4 Sydney_2012型,而从腹泻胃肠炎患者粪便标本中检出NoVs主要是NoVGII.4 Sydney_2012型和少量的GII.3型。同时期水体和人群粪便标本来源的NoVGII.4 Sydney_2012型VP1基因相似性98.2%–100.0%。【结论】NoVGII.4 Sydney_2012型是深圳地区主要的流行株。NoVs在环境水体和人群中于某种程度上存在循环传播。

    • >基因克隆及功能研究
    • 高山被孢霉ATCC 32222中细胞色素b5还原酶I的克隆、表达和功能鉴定

      2016, 43(10):2172-2178. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160116

      摘要 (1378) HTML (881) PDF 2.41 M (1943) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】鉴定产油微生物高山被孢霉ATCC 32222中细胞色素b5还原酶I的功能。【方法】将高山被孢霉ATCC 32222中膜结合细胞色素b5还原酶I基因与人可溶性细胞色素b5还原酶基因序列比对,去除该基因N端穿膜区域后,与人可溶性细胞色素b5基因分别在大肠杆菌中异源表达;通过钴离子亲和层析、离子交换和分子排阻色谱等方法对表达产物进行纯化;以2,6-二氯靛酚钠(DCIP)为底物,测定细胞色素b5还原酶I的体外活性及其对NADH和NADPH的偏好性;在反应体系中存在NADH时,通过全波长扫描方法检测细胞色素b5还原酶I与细胞色素b5的相互作用。【结果】高山被孢霉ATCC 32222中膜结合细胞色素b5还原酶I被成功可溶表达,经纯化后检测到体外活性:使用NADH时酶活为564.57 U,使用NADPH时为51.97 U;在NADH存在时,细胞色素b5还原酶I能够还原细胞色素b5,其吸收峰从411 nm偏移至422 nm,并在521 nm和554 nm处吸光值增加。【结论】细胞色素b5还原酶I N端穿膜区域的去除增加了其可溶性,并保持了蛋白质活性;高山被孢霉ATCC 32222中细胞色素b5还原酶I基因编码的是一种NADH-细胞色素b5还原酶,其在体外能与细胞色素b5相互作用。

    • 一种几丁质酶基因的克隆表达及酶解产物分析

      2016, 43(10):2179-2186. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150851

      摘要 (1341) HTML (951) PDF 2.63 M (2125) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】克隆耐冷菌假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp. DL-6)的几丁质酶基因并进行原核表达,纯化重组蛋白并研究其酶解产物。【方法】采用PCR扩增法从Pseudoalteromonas sp. DL-6中克隆几丁质酶基因(chiA),连接到表达载体pET28a,导入Escherichia coli BL21(DE3)进行诱导表达。SDS-PAGE检测几丁质酶ChiA的分子量与纯度,4-甲基伞形酮荧光底物4MU-(GlcNAc)2测定酶活,电喷雾质谱(ESI-MS)检测酶解产物。【结果】chiA基因(GenBank登录号KF234015)在大肠杆菌中高效表达,Ni-NTA亲和层析柱纯化几丁质酶chiA的总活力可达168.68 U。ESI-MS检测结果表明重组蛋白酶解1%胶体几丁质的产物为几丁寡糖。【结论】利用内切几丁质酶ChiA水解几丁质生产几丁寡糖,为其在食品、医药和农业等领域的潜在应用提供有利参考。

    • >农业微生物学
    • 植物根际促生枯草芽孢杆菌JC01筛选

      2016, 43(10):2187-2196. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150839

      摘要 (1485) HTML (728) PDF 10.23 M (1825) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】筛选高效植物根际促生细菌,阐明产挥发性有机化合物(VOC)菌株JC01的促生机制。【方法】选取从植物根际中分离得到的838株细菌,以固氮、解(溶)磷以及分泌嗜铁素、吲哚乙酸(IAA)活性为指标,对其促生能力进行赋值评估,将赋值在3分以上的107株细菌进行指纹图谱分析,挑选其中不同簇的20株促生潜力细菌进行温室实验,以评价赋值体系与温室促生效果之间的关系,进一步探究具有较好促生效果菌株JC01的作用机理。【结果】共筛选出了来源于指纹图谱中不同簇的4株具有较好促生效果的菌株,细菌的平板活性赋值与促生效果之间的相关系数r大于0.6。其中,菌株JC01分泌的具有促生作用的VOC能够增强番茄植株IAA信号通路关键基因的表达,减弱脱落酸(ABA)、乙烯(ETH)信号通路关键基因的表达。JC01经16S rRNA基因鉴定为枯草芽孢杆菌。【结论】细菌的平板活性赋值与促生效果之间存在较高的正相关性,枯草芽孢杆菌JC01可能通过产生VOC对番茄生长进行调控。

    • 一株蜂粮源拮抗细菌的分离鉴定及其抑菌物质特性

      2016, 43(10):2197-2206. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150857

      摘要 (1694) HTML (948) PDF 2.45 M (2232) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】为发掘和利用蜂粮中拮抗菌资源,对分离获得的拮抗细菌菌株PC2进行分类鉴定,并测定其发酵液抑菌物质基本特性。【方法】采用改良牛津杯双层平板法测定菌株发酵液抑菌谱及温度、pH、紫外线和蛋白酶对其抑菌活性稳定性的影响,菌株鉴定结合形态学、生理生化特征和16S rRNA基因序列分析,硫酸铵沉淀法和盐酸沉淀有机溶剂提取法进行抑菌活性物质的初步分离。【结果】从3种蜂粮中分离筛选得到17株拮抗菌株,其中1株细菌PC2以马铃薯葡萄糖液体培养基发酵制备的无菌发酵液对7种供试菌株具有较强抑制作用,经形态、生理生化特征及16S rRNA基因序列分析,将其初步鉴定为解淀粉芽胞杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。菌株发酵液抑菌活性对温度、酸和紫外线具有较强的稳定性,对蛋白酶K、胃蛋白酶、碱性蛋白酶处理敏感。菌株发酵液存在抑菌蛋白和脂肽类物质。【结论】菌株PC2在食品保鲜和农业生防中具有潜在的开发应用价值。

    • 黑麦草根际产铁载体细菌HMGY6B的筛选鉴定及对病原菌的拮抗作用

      2016, 43(10):2207-2215. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150871

      摘要 (1565) HTML (897) PDF 3.18 M (2172) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】从石灰性土壤中分离筛选出铁载体合成能力强、抗病效果好的菌株。【方法】采用刃天青(Chrome azural S,CAS)平板检测法,定性、定量筛选产铁载体能力较强的菌株,通过菌株形态、生理生化特征、16S rRNA基因序列相似性和系统发育分析,鉴定细菌类型,然后采用平板对峙法研究菌株与病原菌的拮抗作用。【结果】从多年生黑麦草根际土壤中分离得到一株产铁载体能力很强的菌株HMGY6B,经鉴定,该菌属假单胞菌属Pseudomonas菌株,其产生的儿茶酚型铁载体对黄瓜灰霉病(Botrytis cinerea)有显著的拮抗作用,在低铁条件下(0.16、2、5、10 μmol/L FeCl3)对黄瓜灰霉病的生长抑制率高达91.2%,但在富铁条件下(50 μmol/L FeCl3)降为30.2%,100 μmol/L FeCl3抑制率仅为5.5%。【结论】菌株HMGY6B可用于今后复合型抗病生物菌肥的开发研制。

    • 甘肃大葱贮藏期镰孢菌腐烂病病原鉴定

      2016, 43(10):2216-2224. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150440

      摘要 (1296) HTML (737) PDF 4.30 M (2243) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】大葱在贮藏期频繁发生镰孢菌腐烂病,损失严重。明确该病害病原种类对病害防治具有重要意义。【方法】利用组织分离法对采集自甘肃省兰州市(区)蔬菜市场的16份大葱贮藏期镰孢菌腐烂病病样进行病原物的分离、纯化培养,经单孢分离后根据形态学特征,再结合rDNA-ITS、EF-1a(tef)基因序列分析的方法进行鉴定。【结果】共分离得到80株镰孢菌,经鉴定分属3个种,即层出镰孢菌(Fusarium proliferatum)、尖孢镰孢菌(F. oxysporum)和燕麦镰孢菌(F. avenaceum),其中层出镰孢菌为大葱镰孢菌腐烂病的优势致病菌,分离频率为52.50%。对兰州白葱不同部位进行致病性测定,结果表明层出镰孢菌对大葱鳞茎的致病力最强,而燕麦镰孢菌对大葱鳞茎的致病力最弱。【结论】3种镰孢菌作为该病害的病原,属国内首次报道。

    • >食品微生物学
    • 基于金针菇全基因组的赖氨酸合成途径关键酶分析

      2016, 43(10):2225-2233. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160379

      摘要 (1439) HTML (716) PDF 1.35 M (2293) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】以金针菇全基因组测序数据为基础研究其L-赖氨酸的从头合成途径及其关键基因。【方法】采用Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+两种方法完成金针菇单孢菌株Dan3的基因组测序,基于全基因组序列筛选金针菇中赖氨酸生物合成的关键基因,并分析这些基因编码的蛋白质基本理化性质;预测其亚细胞定位情况及蛋白的二级结构。【结果】金针菇Dan3全基因组序列长度为34.17 Mb,预测到8个参与α-氨基己二酸途径的关键基因,这些基因都含有多个内含子和外显子,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,有3个蛋白定位于线粒体。【结论】金针菇是通过α-氨基己二酸途径合成赖氨酸,基因组中预测到与该途径相关的几乎所有的酶。

    • >兽医微生物学
    • 腹泻仔猪源致病性大肠杆菌生物膜与耐药性及毒力的相关性

      2016, 43(10):2234-2241. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150911

      摘要 (1322) HTML (599) PDF 346.65 K (2107) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】探讨腹泻仔猪源致病性大肠杆菌生物膜形成能力及其与耐药性、毒力之间的相关性。【方法】收集临床分离鉴定的129株致病性大肠杆菌,采用96孔微量板法、K-B法、微量稀释法、寇氏改良法分别测定体外生物膜形成能力、耐药表型、生物膜菌与浮游菌的最小抑菌浓度(MIC)、对小鼠的半数致死量(LD50)。【结果】129株致病性大肠杆菌生物膜阳性率为96.1%,以弱阳性(1+)为主;分离株对四环素、氨苄青霉素、阿莫西林的耐药率分别为92.2%、92.2%、93%,对亚胺培南的耐药率最低为1.6%,共呈现94种多重耐药谱,其中以阿莫西林-氨苄青霉素-四环素-强力霉素-复方新诺明-甲氧苄啶构成比最大,为86.0%,且其与环丙沙星、氟苯尼考、左氧氟沙星、诺氧沙星、头孢拉定及头孢哌酮的耐药性有相关性(P<0.05),环丙沙星和氟苯尼考对生物膜形成菌的MIC较对应浮游菌分别提高2?16倍和8?16倍;生物膜形成能力3+的菌株LD50最大。【结论】腹泻仔猪源致病性大肠杆菌普遍具有生物膜形成能力,呈现多重耐药,生物膜形成菌对环丙沙星及氟苯尼考的耐药性与生物膜形成能力呈正相关,但随着生物膜形成能力的增强,LD50值则相应增大。

    • >微生物育种
    • 紫外线和硫酸二乙酯复合诱变选育PHB高产菌株

      2016, 43(10):2242-2248. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150889

      摘要 (1459) HTML (974) PDF 346.18 K (2152) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】获得高产聚β-羟基丁酸酯(Poly-β-hydroxybutyricacid,PHB)菌株。【方法】以假单胞菌属Pseudomonas koreensis PK3菌株为出发菌株,采用硫酸二乙酯和紫外线相结合的诱变方法进行多轮诱变。【结果】经过初筛和复筛得到一株高产PHB突变菌株,命名为Pseudomonas koreensis UVCN-18。连续传代9次后,发酵28 h条件下,PHB产量达到15.94 g/L,占细胞干重69.54%,较原出发菌株Pseudomonas koreensis PK3 (4.42 g/L)提高了2.61倍,并且该菌株具有良好的遗传稳定性。【结论】采用硫酸二乙酯和紫外线相结合的诱变方法,成功获得了一株高产PHB突变菌株。

    • >简报
    • 迟缓爱德华氏菌EcoRⅠ核糖体自动化分型与聚类分析

      2016, 43(10):2249-2253. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150881

      摘要 (1071) HTML (724) PDF 500.52 K (2132) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】对26株迟缓爱德华氏菌进行自动化核糖体分型,并进行聚类分析。【方法】采用RiboprinterTM全自动微生物鉴定系统对分离自斑点叉尾鮰、日本鳗、多宝鱼、比目鱼、斑醴等宿主体内的迟缓爱德华氏菌进行核糖体分型,以限制性内切酶EcoRⅠ处理、切割菌株DNA;运用BioNumerics软件分析图像数据。【结果】迟缓爱德华氏菌核糖体图谱与数据库中已有信息进行比对,ATCC15947和BYK00685的比对相似值>0.85,分别为0.95及0.90。条形码经软件分析共产生21种核糖体条带,聚类分析分为3个群。条带之间呈现明显的地域性差异和宿主差别。来自北方及南方的菌株除少数几株以外,各自聚集为一个群;所有人源株则分布在第三群。【结论】自动化核糖体分型可以方便快捷地用于不同物种的菌株分型与流行病学追踪溯源。

    • 苹果枝条内生菌longA的鉴定及其抑菌作用机理初探

      2016, 43(10):2254-2260. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150937

      摘要 (1420) HTML (740) PDF 4.87 M (2067) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】鉴定一株分离自苹果健康枝条的内生菌longA,对其抑菌作用机理进行初步探究。【方法】通过生理生化性质测定和16S rRNA基因序列分析对其进行鉴定;采用平板对峙法检测longA对苹果树腐烂病菌(Valsa mali)菌丝生长的影响和对孢子萌发的抑制作用,利用透射电镜观察苹果树腐烂病菌的细胞内部变化。【结果】16S rRNA基因序列分析结果表明该菌株为解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens;菌株longA好氧,可利用葡萄糖、蔗糖、甘露醇、乳酸、柠檬酸等碳源;耐盐性差(不能耐受质量分数7%的氯化钠);接触酶反应呈阳性;可还原硝酸盐;能使明胶液化、水解淀粉;不能利用柠檬酸盐;乙酰甲基甲醇(V-P)试验为阴性。longA能显著地降低苹果树腐烂病菌分生孢子的萌发率,并导致其菌丝生长过程中分枝增多、顶端膨大及细胞质外渗。【结论】菌株longA能有效抑制苹果树腐烂病菌等,具有一定的生防潜能。

    • >专论与综述
    • 谷氨酸棒杆菌中选择性σ因子的研究进展

      2016, 43(10):2261-2268. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160332

      摘要 (1343) HTML (643) PDF 276.48 K (2258) 评论 (0) 收藏

      摘要:谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)是一种重要的工业微生物,其基因组中包含编码RNA聚合酶的7种sigma (σ)因子基因,除σA外,其余6种属于选择性σ因子。通过σ因子进行基因表达调控是细菌调控网络中的重要组成部分,因此研究σ因子的功能和调控机制将有助于完善谷氨酸棒杆菌基因调控网络,进而有利于工业生产中菌种优化策略的制定。本文主要对谷氨酸棒杆菌中6种选择性σ因子的功能和调控机制做一综述,并且讨论了在研究选择性σ因子调控功能中需要注意的实验设计问题。最后探讨了选择性σ因子在实际应用中的价值及未来需要深入研究的方向,以期能够为谷氨酸棒杆菌调控网络的进一步完善以及选择性σ因子研究的规范化提供一些参考。

    • 第三代测序技术在微生物研究中的应用

      2016, 43(10):2269-2276. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150656

      摘要 (1631) HTML (1392) PDF 869.00 K (3561) 评论 (0) 收藏

      摘要:1977年Sanger发明的双末端终止法开启了测序之旅,而测序技术在30多年内不断革新。每种新技术的出现都有超过前代产品的独特之处,但也会不可避免的存在自身局限性,关键在于掌握每种技术的优缺点并加以合理应用。第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术,它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究注入了新活力。本文在介绍基本技术原理的基础上,着重概述了第三代测序技术在微生物研究中的应用,从而揭示了其广泛的应用前景。

    • 红曲菌利用甘油促进色素产生及其机制的研究进展

      2016, 43(10):2277-2285. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150929

      摘要 (1281) HTML (570) PDF 539.42 K (2431) 评论 (0) 收藏

      摘要:红曲色素(Monascus pigments,MPs)是红曲菌(Monascus sp.)的主要次生代谢产物,作为食品着色剂在我国已有上千年的应用历史。甘油,特别是生物柴油等生产过程中产生的甘油,作为一种相对廉价的碳源可被红曲菌等微生物利用,并可促进红曲色素的产生。本文对甘油促进红曲菌色素产生的相关研究进行综述,并对其机制进行分析。

    • >高校教改纵横
    • 中美课程教学差异分析及启示——基于食品专业“微生物学”视角

      2016, 43(10):2286-2293. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150883

      摘要 (1204) HTML (817) PDF 1.12 M (2533) 评论 (0) 收藏

      摘要:以中国南昌大学食品学院开设的“微生物学”和美国University of Minnesota食品科学与营养系的Introductory Microbiology为研究对象,从课程安排、教学过程、实践环节和知识考察等方面对食品专业“微生物学”课程教学进行对比研究,以此窥豹一斑。研究发现,国内高校“微生物学”课程存在教学内容更新滞后、课堂讨论互动不足、考查方式多元化欠缺等问题,学生学习存在投入时间偏少、知识点掌握不牢固、考试后遗忘较快、应用知识解决问题能力较差等问题。要更好地开展食品专业“微生物学”教学,必须以学生为中心,及时更新教材内容,结合现代技术开展启发教学、案例教学,有效建构学生知识体系,施行课程助理制度,完善考核制度,提升教师自身工程化能力,从而助推提升教学质量。

    • 微生物药物学课程教学的改革与实践

      2016, 43(10):2294-2297. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160049

      摘要 (1206) HTML (624) PDF 276.49 K (2295) 评论 (0) 收藏

      摘要:微生物药物学是针对生命科学相关专业所开设的一门主干选修课。在生物技术高速发展的今天,如何有效建立合理的微生物药物学课程教学体系是教学工作者值得深思的课题。本文从微生物药物学教学内容及教学理念方面入手,简要阐述了作者对微生物药物学课程教学改革和实践所进行的一些有益的尝试和探索。

    • >生物实验室
    • 相似性比对预测蛋白质亚细胞区间

      2016, 43(10):2298-2305. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150862

      摘要 (1328) HTML (810) PDF 322.59 K (2086) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】对蛋白质所属的亚细胞区间进行预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能提供基础。【方法】以蛋白质序列的氨基酸组成、二肽、伪氨基酸组成作为序列特征,用Blast比对改进K最近邻分类算法(K-nearest neighbor,KNN)实现蛋白序列所属亚细胞区间预测。【结果】在Jackknife检验下,数据集CH317三种特征的成功率分别为91.5%、91.5%和89.3%,数据集ZD98成功率分别为93.9%、92.9%和89.8%。【结论】Blast比对改进KNN算法是预测蛋白质亚细胞区间的一种有效方法。

    • SD-PMA-ddPCR检测食品中单核细胞增生李斯特氏菌

      2016, 43(10):2306-2313. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150746

      摘要 (1278) HTML (750) PDF 666.51 K (2427) 评论 (0) 收藏

      摘要:【目的】检测食品中单核细胞增生李斯特氏菌活菌。【方法】利用脱氧胆酸钠(SD)对受损细胞预处理,然后使叠氮溴化丙锭(PMA)进入受损细胞与DNA发生共价交联,提取细菌基因组DNA进行微滴式数字PCR (ddPCR)检测。【结果】0.1% SD和5.0 mg/L PMA协同作用,可以有效抑制108 CFU/mL的单核细胞增生李斯特氏菌死菌DNA的PCR扩增。经过SD和PMA对样品预处理,ddPCR可以在死菌存在条件下,定量检测鸡肉中单核细胞增生李斯特氏菌活菌,消除了“假阳性”结果的出现。活菌灵敏度检测结果显示:SD-PMA-ddPCR的灵敏度为2.0 copies/20 μL。SD-PMA-ddPCR方法精密度和稳定性良好。【结论】SD-PMA-ddPCR在检测食源性致病菌方面有巨大的发展空间。

本期文章


文章目录


过刊浏览

年份

刊期

浏览排行

引用排行

下载排行