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摘要:【目的】为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因，对3个常用ncRNA预测工具sRNAPredict、PORTRAIT和sRNAscanner进行评估。【方法】选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组，并按基因组G+C含量进行分类，比较sRNAPredict和PORTRAIT工具的预测准确性。提取不同G+C含量基因组中ncRNA基因转录起始和终止区的序列特征，对sRNAscanner预测结果进行评估。【结果】sRNAPredict对细菌ncRNA基因的预测特异性和阳性检出率均高于PORTRAIT，而敏感性则较差；两种工具预测效果均随基因组G+C含量不同而产生明显变化。在不同G+C含量的细菌基因组中，ncRNA基因启动子和终止子区域的序列特征有明显差异。利用这些序列特征能提高sRNAscanner预测ncRNA基因的平均水平。【结论】3种ncRNA基因工具预测效果随基因组G+C含量变化而不同。不同G+C含量基因组中ncRNA基因的转录起始和终止区特征可作为ncRNA基因预测的重要参数之一。

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摘要:【目的】地衣芽孢杆菌是茅台酒高温大曲中能产酱香风味物质的主要微生物，对酱香型白酒的酿造具有重要价值。而酱香型白酒的酿造环境具有高渗、高温、酸性、高乙醇胁迫等特征，研究产酱香地衣芽孢杆菌在环境胁迫下的耐受特征有利于认识酱香型白酒的酿造特征。【方法】以一株产酱香地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis CGMCC 3963)为研究对象，测定其耐渗、耐酸、耐乙醇特征，并从比较转录组学角度系统分析B. licheniformis CGMCC 3963的耐受机制。【结果】B. licheniformis CGMCC 3963在15%的KCl、15%的NaCl、pH 4.0的酸性环境或6%乙醇浓度下的生长情况明显优于不产酱香的模式菌株B. licheniformis ATCC 14580。转录组比较分析显示B. licheniformis CGMCC 3963中一系列与耐受相关的基因表达有差异。【结论】来源于酿造环境的B. licheniformis CGMCC 3963耐受能力强于B. licheniformis ATCC 14580，一系列与耐受相关的基因表达有差异。编码脯氨酸和甜菜碱等溶质转运、离子外排、钾离子通道蛋白等基因的差异表达，使得高渗胁迫下B. licheniformis CGMCC 3963生长明显优于B. licheniformis ATCC 14580；编码II类热休克蛋白、乙醇脱氢酶、氧化应激、pH动态平衡等相关基因的差异表达，在提高菌株耐受酸性环境能力上起了重要作用；II类及III类热休克基因的高表达对B. licheniformis CGMCC 3963耐乙醇能力起了重要作用。

摘要:【目的】研究油页岩本源环境中可培养细菌多样性，对于发掘利用尚未开发的油页岩细菌资源具有重要意义。【方法】以野外采集的吉林桦甸、广东茂名和辽宁抚顺3个中国主要矿区的油页岩作为研究对象，采用稀释平板培养法，以营养琼脂培养基对油页岩中的细菌进行分离纯化，并对分离菌株进行基于16S rRNA基因的序列测定和系统发育分析。【结果】3个矿区共鉴定出10属，其中抚顺矿的9个操作分类单元(Operational taxonomic units，OTUs)属于Pantoea、Brevibacillus、Paenibacillus、Microbacterium、Arthrobacter、Pseudomonas和Bacillus菌属；茂名矿的5个OTUs属于Bacillus和Sinomona菌属，桦甸矿的5个OTUs属于Staphylococcus、Acinetobacter、Bacillus和Arthrobacter菌属。【结论】3个矿区可培养细菌群落组成均较简单，且在门的分类层次上相似，即均具有厚壁菌门和放线菌门，抚顺矿和桦甸矿还存在部分变形菌门细菌。在属的分类层次上，各矿区差异较大。

摘要:【目的】探索药用昆虫中华蜂(Apis cerana cerana Fabricius)体内可培养放线菌的分离方法，研究其物种多样性及抗菌活性，挖掘更多微生物资源。【方法】选用7种分离培养基对中华蜂样品体内放线菌进行分离；通过采用16S rRNA PCR-RFLP和16S rRNA基因序列分析方法研究其多样性；选用4种致病菌对菌株进行抗菌活性初探。【结果】共分离得到180株放线菌，根据菌落的形态和细胞特征观察结果，从中选取84株作为代表菌株，其分属于3个目、4个科中的4个属，其中6株为潜在新种；最适的表面消毒方法：浓度为0.2%的ClO2 (二氧化氯)作为消毒剂，作用60 s；拮抗实验显示，31.0%、48.8%、27.4%、16.7%的代表菌株分别对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、玉米弯孢病菌、西瓜枯萎病菌有不同程度的抗菌活性，71.4%的代表菌株对至少一种病原菌有拮抗作用。【结论】分离方法的选择对昆虫体内放线菌的分离效果影响较大；中华蜂体内放线菌具有丰富的多样性，展现出很好的抗菌活性，表明其在发现新型生物活性物质中具有很大的潜力。

摘要:【目的】探究新疆低阶煤生物甲烷转化过程微生物群落组成及多样性。【方法】采用厌氧培养方法和末端限制性片段长度多态性技术(Terminal restriction fragment length polymorphism，T-RFLP)分析新疆低阶煤本源微生物对甲烷转化及有机酸含量的影响，分析新疆哈密大南湖长焰煤生物甲烷转化过程中微生物群落动态变化。【结果】研究表明长焰煤和褐煤对本源微生物产甲烷影响较小，随着低阶煤生物甲烷转化时间的延长，甲烷产量呈上升趋势，转化60 d后长焰煤甲烷产量高达10.28 mL/g，挥发性有机酸(VFA)浓度则最低；微生物多样性指数变化不明显，不同转化时间微生物主要类群为放线菌门(Actinobacteria)，拟杆菌门(Bacteroidetes)，厚壁菌门(Firmicutes)，变形菌门(Proteobacteria)；甲烷菌的群落结构相对于细菌较简单，在整个低阶煤生物转化产甲烷过程中共有古菌类群为甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、甲烷盐菌属(Methanohalobium)、甲烷叶菌属(Methanolobus)、甲烷食甲基菌属(Methanomethylovorans)，它们是构成群落结构的基本菌群。【结论】低阶煤生物甲烷转化过程微生物群落具有丰富的多样性，且不同时期多样性有较大差异。甲烷菌群落结构相对于细菌较简单，共有类群明显。

摘要:【目的】获得降解混合偶氮染料的高效降解菌，应用于印染行业偶氮染料废水的生物处理和资源化。【方法】以某污水处理厂的脱水污泥作为分离源，经偶氮染料废水驯化后，分离筛选出9株偶氮染料脱色株(命名为T-1?T-9)，通过形态观察、生理特征及基于16S rRNA基因序列的分子生物学鉴定，初步认定分离株分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、寡单胞菌属(Stenotrophomonas)和副球菌属(Paracoccus)。【结果】所得分离株纯培养均可不同程度地脱色单一偶氮染料和混合偶氮染料，其中T-8对甲基橙和金橙I的脱色速率最大，40 h的脱色率分别为85.9%和86.2%，T-8菌株干粉也可在无外源碳源的条件下完全脱色金橙I。分离株混合培养脱色混合偶氮染料的效率明显高于纯培养，可达90.1%。【结论】脱水污泥作为脱色偶氮染料功能菌群的新来源具有良好的应用价值。

摘要:【目的】链霉菌ZM-16对多种细菌有良好的抑菌作用，其发酵产物的主要活性物质为放线菌素D。本研究旨在进一步探讨其抗真菌活性，并通过诱变育种的方法对菌种进行改良，以提高活性物质的产量，从而为其在植物病害生物防治领域的实践应用奠定基础。【方法】利用液体发酵的方法获取活性产物并对其进行粗提取；利用抑菌圈法检测菌株发酵产物对11种植物病原真菌的抑制作用；通过微波处理并利用抗生素抗性筛选的方法对菌株进行诱变育种。【结果】粗提液对11种植物病原真菌均具有抑菌效果，最为明显的3种病菌分别是苹果炭疽病菌、油菜菌核病菌和禾谷镰刀病菌；经微波诱变筛选到了一株耐利福平突变株，其放线菌素D的产量提高了36.75%；传代研究表明其经过10代选育，遗传稳定性较好。【结论】链霉菌ZM-16的发酵产物具有良好的抗植物病原真菌的活性，经过育种后其活性产物产量也有所提高，因此具有较高的实际应用价值。

摘要:【目的】从生菜根际土中筛选出2株具有多种生物学特性、促生和生防效果的芽孢杆菌。【方法】土样经过80 °C高温处理，得到2株细菌。通过形态学、生理生化、16S rRNA和gyrB基因鉴定菌株。对其溶磷、合成IAA和嗜铁素能力及对植物病原真菌的拮抗作用进行测定。用2株细菌处理生菜种子，评价其促生效果。用菌株WXD 3-2处理小麦，评价其生防效果。【结果】经过鉴定，确定菌株WXD 3-1为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)，WXD 3-2为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。2株菌均有溶磷、合成嗜铁素、IAA能力和促生能力，菌株WXD 3-2能够对多种病原菌产生拮抗作用，抑制其生长。经过WXD 3-1和WXD 3-2处理，生菜植株高、叶片宽、植株鲜重及植株干重与对照相比分别增加21.51%和8.88%、31.93%和14.51%、41.30%和13.58%、42.76%和26.35%。菌株WXD 3-2能够减轻小麦根腐病病症，小麦根部病斑减少。【结论】分离出的2株芽孢杆菌均具有溶磷、合成IAA和嗜铁素能力，能够促进生菜的生长，且菌株WXD 3-2还具有生防效果。

摘要:【目的】探讨回接内生真菌对葡萄叶内生真菌群落结构的影响。【方法】将葡萄叶中分离到的8株内生真菌回接到健康生长的玫瑰蜜葡萄叶片上，同时设置管理上喷施农药与未喷施农药两组处理，3个月后分析不同真菌菌剂处理后葡萄叶片内生真菌的分离率、优势度和多样性指数。【结果】5种菌剂的处理(Xylaria sp.、Nigrospora sp.、Alternaria sp. 1、Alternaria sp. 2和Colletotrichum sp.)在处理后的叶片中分离到了较多数量的接种菌。不同菌剂处理后葡萄叶片菌群结构差异显著。【结论】与对照处理的葡萄相比，菌剂的处理增加了叶内生真菌的分离率，但显著降低了内生真菌的多样性指数；发现喷施农药组叶片内生真菌的分离率较低，但多样性相对较高。

摘要:【目的】研究酱香型白酒发酵过程中酵母群落结构，及其对酱香型白酒生产的影响。【方法】通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)和实时荧光定量PCR (RT-qPCR)技术分别对产量、酒质较高的第五轮次和较低的第七轮次发酵过程中的酵母群落结构进行解析，同时利用顶空固相微萃取气质联用(HS-SPME-GC-MS)以及高效液相色谱(HPLC)技术分析酒醅中的代谢组分，初步分析了酵母群落对酱香型白酒产量及品质的影响。【结果】用DGGE方法从酒醅中的检测到Issatchenkia orientalis、Torulaspora delbrueckii、Pichia galeiformis、Schizosaccharomyces pombe、Galactomyces geotrichum、Trichosporon asahii、Zygosaccharomyces bailii、Saccharomyces cerevisiae和Pichia fabianii等9种含量丰富的酵母，其中G. geotrichum和S. cerevisiae是第五轮的优势酵母，而第七轮的优势酵母增加了I. orientalis和Z. bailii两种酵母，且Sc. pombe未检测到。第七轮发酵过程中5种酵母在发酵后期衰亡明显，第五轮酵母群落结构相对更稳定；发酵前期第五轮酵母总量是第七轮的2–5倍，而发酵结束时第五轮乙醇含量达到第七轮次的2.45倍。酒醅中挥发性风味组分种类丰富，第五轮中酯类等白酒中重要的风味物质含量明显高于第七轮，有机酸和杂醇油含量低于第七轮。【结论】酱香型白酒酿造过程中酵母菌群多样性较丰富，酵母菌群结构变化对白酒产量及品质影响明显，这为酱香型白酒酿造机制研究奠定了基础。

摘要:【目的】克隆鲍曼不动杆菌铁蛋白(Abferritin)基因，并研究其抗氧化功能。【方法】荧光定量PCR检测氧化应激下Abferritin基因的表达量，并将其基因克隆到表达载体pET28a以构建重组质粒pET28a-Abferritin，转化大肠杆菌BL21(DE3)得到重组菌BL/pET28a- Abferritin，IPTG诱导目的蛋白表达并利用镍柱亲和层析纯化该蛋白。比色法测定Abferritin蛋白的Fe2+氧化酶活性，自由基清除实验测定其抗氧化功能。菌落计数法观察重组大肠杆菌在H2O2应激条件下的存活率。【结果】Abferritin基因在氧化应激下表达增高。重组质粒在大肠杆菌BL21(DE3)中高效表达，通过Ni2+亲和层析纯化获得了Abferritin蛋白。该蛋白具有Fe2+氧化酶活性，能有效减少氧自由基的形成及提高大肠杆菌抵抗氧化应激的能力。【结论】氧化应激能诱导Abferritin基因表达上调，且该蛋白具有亚铁氧化酶活性和抗氧化功能。

摘要:【目的】为了控制烟草疫霉(Phytophthora nicotianae)引起的烟草黑胫病对烟草生产造成的危害。【方法】采用稀释平板法从贵州省毕节地区烟草根际土壤中分离筛选拮抗烟草疫霉的细菌菌株，然后经形态观察、Biolog鉴定及16S rRNA基因序列分析，对分离菌株进行鉴定，同时测定抗菌谱，单因子变量分析、优化生长条件。【结果】共分离得到44株拮抗烟草疫霉的细菌菌株，其中菌株21b对烟草黑胫病菌菌丝生长的抑制率达78.33%，鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。该菌株对烟草青枯病菌(Ralstonia solanacearum)、烟草灰霉病菌(Botrytis cinerea)、烟草赤星病菌(Alternaria alternate)和烟草炭疽病菌(Colletotrichum destructivum)均具有拮抗作用，抑菌圈大小分别为19.5、18.2、14.6和13.4 mm，最佳的发酵条件为：温度30 °C、pH 7.0–8.0、装液量12%、盐浓度0.5%。【结论】分离筛选到一株对烟草寄生疫霉有较强拮抗活性的细菌菌株，为进一步开发烟草黑胫病的生防菌剂提供了菌种资源。

摘要:【目的】分析居住于哈尔滨城市和乡村的青年居民肠道菌群多样性的异同。【方法】采用PCR和DGGE技术相结合的方法对生活于哈尔滨城市和乡村的青年志愿者肠道菌群多样性进行研究。基于DGGE指纹图谱，分别使用聚类和PCA分析对志愿者肠道微生物相似性进行分析，使用Shannon-Weine多样性指数(H?)、丰度(S)和均匀度(EH)对志愿者肠道微生物多样性进行分析，对图谱中具有代表性的共性和特异性条带进行胶回收和克隆测序以分析志愿者肠道微生物组成。基于PCR技术在种水平上对城乡志愿者肠道内乳杆菌属和双歧杆菌属多样性进行定性分析。【结果】相似性分析显示，城乡青年居民间肠道微生物群落结构存在分开趋势，相似性小于城市或乡村青年居民内部；多样性分析显示，城乡青年居民肠道微生物多样性差异不显著；测序结果表明，城乡居民肠道微生物组成在门水平上相同，但是在种属水平上存在差异。PCR定性分析显示Lactobacillus plantarum、L. casei和L. salivarius在哈尔滨城乡青年居民肠道内检出率接近100%，Bifidobacterium longum和B. breve的检测率约90%，在哈尔滨城乡青年居民肠道内普遍存在；乳杆菌属和双歧杆菌属各细菌种在城乡居民肠道中的检出频率差异不显著。【结论】哈尔滨城市和乡村青年居民肠道微生物多样性差异不显著。

摘要:高通量细菌鉴定是微生物领域的重要研究课题，对于疾病诊断和环境监测具有重要意义。相比传统的表型鉴定方法，分子遗传学鉴定方法具有稳定性高、检测周期短以及成本较低等特点，成为了主流的鉴定方法。特别是下一代DNA测序技术、核酸分子检测基础上的细菌检测芯片、质谱技术基础上的蛋白质图谱分析为高通量、快速、准确乃至定量的细菌鉴定提供了可行性方案。

摘要:动物微生态制剂是在动物微生态理论指导下，采用益生菌制成的活菌制剂。本文主要结合国内外的研究资料，对动物微生态制剂在宠物领域的应用现状、研究进展及存在的问题进行综述。

摘要:纳米粒子的合成方法多种多样，包括物理法、化学法和生物合成法，其中生物合成法是以生物为基体的绿色合成方法。由于微生物易于培养、生长快、廉价易得，已成为纳米粒子生物合成法的重要生物类群。微生物和纳米材料的多样性决定了其合成机制的多样化。本文结合国内外的科研报道，着重介绍了目前纳米粒子生物合成机制，并对纳米粒子微生物合成技术未来发展趋势进行了展望。

摘要:武汉大学生命科学学院微生物学实验教学中注重创新型实验教学项目的建设，创新型土壤微生物分离实验项目建设是培养学生创新能力的一次实践。从武汉大学校园和国家级自然保护区神农架采集土壤样品，分离土壤细菌、放线菌和霉菌。让学生了解土壤微生物数量测定的基本方法，学习了解平板计数的基本操作技术。在引申实验过程中又有机地结合与贯穿了微生物学的无菌操作技术、显微镜技术、纯培养技术、分离纯化技术等各项技术及最新的分子生物学研究方法和技术。本实验的创新点有三：首先，实验从室内延伸到室外；其次，从本科生的常规土壤微生物的分离实验衍生到科研实验(新菌种的分离、鉴定)；最后，使共性教学衍生为个性化培养。

摘要:基于职业岗位和典型工作任务进行高职课程“食品微生物检测技术”改革探索，分别对课程的教学目标、教学内容、教学实施和教学评价方法进行改革，教学实践证明此课改模式能有效激发学生学习兴趣，提高学生综合素质，培养的学生能适应工作岗位需求，取得了较好的教学效果。

摘要:【目的】以双歧杆菌标准菌株为材料，构建双歧杆菌属特异性末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)技术，用于微生物群落中双歧杆菌的特异性分析。【方法】采用16S rRNA基因的双歧杆菌属特异性引物，5′-端用HEX荧光标记，结合通用引物1510r进行双歧杆菌特异性PCR扩增，软件模拟酶切后选取Hae III和Alu I进行限制性酶切，对酶切消化产物的荧光标记末端测序得到T-RFLP峰谱图。同时将该技术与实验室已建立的乳酸杆菌属特异性T-RFLP技术相结合，建立多相T-RFLP技术应用于对市面上益生菌产品的时效性检测。【结果】建立的方法能够快速准确地对不同种的双歧杆菌及合生元产品中的益生菌进行定性或半定量分析。【结论】据此，成功搭建T-RFLP技术用于微生态环境中双歧杆菌的检测，并成功将多相T-RFLP技术用于市售益生菌产品的时效性检测。

摘要:【目的】为了更好地分析霉菌在白酒发酵过程中的作用，需要快速准确地测定发酵过程中霉菌生物量的变化，本实验以白酒酿造中常用的塔宾曲霉(Aspergillus tubingensis)为例，建立一套快速准确定量塔宾曲霉生物量的方法。【方法】优化从酒醅中提取基因组的方法，设计和验证专一性引物，建立实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR)方法，验证方法的有效性并应用于白酒发酵过程中塔宾曲霉生物量的检测。【结果】用原位机械破碎法提取酒醅中总基因组，其DNA的浓度能够达到1.060×105 ng/g酒醅；同时建立了一套快速准确测定固态基质中霉菌生物量的方法，并应用于白酒生产(制曲、堆积发酵和窖池发酵过程)中塔宾曲霉生物量的定量。【结论】实时荧光定量PCR方法能够快速准确地测定固态基质中霉菌的生物量，且检测限较低，对今后的相关研究具有借鉴意义。

摘要:【目的】建立一种方便、快捷、相对准确、能够定量地测定镰刀菌细胞内、外Pb2+分布的技术手段。【方法】用EDTA溶液浸泡镰刀菌细胞，使其胞外(表面) Pb2+被螯合、洗脱并测定，之后将被浸泡、清洗过的细胞消解、测铅。【结果】EDTA可以将镰刀菌表面的Pb2+螯合，且在99 min内不损伤镰刀菌细胞；以EDTA为反应介质和滴定剂，XO为指示剂，测定镰刀菌胞内、胞外Pb2+分布是可行的。依据此实验方法，测定了镰刀菌在Pb2+浓度为500 mg/L的培养基中的生长曲线、培养基中Pb2+浓度和细胞内、外Pb2+的含量。【结论】镰刀菌固定Pb2+的过程是先将Pb2+吸附在菌体胞外，之后转运至细胞内部，菌体胞外Pb2+的容纳量是有限的，每克菌体胞外Pb2+饱和吸附量约1.37 mg，通过计算可得，每克菌体用于吸附Pb2+的胞外活性位点约3.97×1018个。

摘要:【目的】针对嗜酸硫杆菌极端特殊的生化特性，分别建立双层平板培养高效筛选方法和补料分批高密度发酵策略，并优选最佳保藏方法，以强化对该类菌种资源的利用和储备效率。【方法】分别采用以异养型微生物Sacchromyces ellipsoideu和Rhodotorula sp.为底层培养物的双层平板培养嗜酸硫杆菌，并结合透射电子显微镜技术(TEM)考察细胞形态差异。结合硫化矿培养基设计及单质硫补料培养策略，延长Acidithiobacillus thiooxidans对数期，提高比生长速率。分析不同保藏方法对嗜酸硫杆菌细胞存活率的影响。【结果】采用异养微生物——Rhodotorula sp.作为底层培养物的双层平板培养法在缩减1/3检出周期的同时将Acidithiobacillus ferrooxidans和Acidithiobacillus thiooxidans的检出率提高了3倍左右。TEM结果表明双层培养中细胞形态更为规则。采用基于Starkey-硫化矿培养基的补料分批发酵策略提高了Acidithiobacillus thiooxidans平均比生长速率，硫对生物量转化率和生产强度分别比分批培养提高31.1%和187.9%。4 °C低温保藏方式更适于嗜酸硫杆菌的保藏，有效保藏期1–3月。【结论】Rhodotorula sp.为辅助培养物的双层平板培养法可有效提高嗜酸硫杆菌的筛选效率。设计的Starkey-硫化矿培养基结合补料分批培养策略可实现Acidithiobacillus thiooxidans高密度培养。简单高效的4 °C低温保藏方式更适合于嗜酸硫杆菌的中短期保藏。

摘要:【目的】评估未知样品内标进样量的参考范围，优化数据处理方法。【方法】采用C19为内标，不同进样量进行分析；编写数据分析程序优化数据处理模型。【结果】随着内标进样量的增加，检测到的PLFA数量和响应值等指标均有增加，但进样量超过16 nmol/g时反而下降；25组数据显示采用响应值计算PLFA含量比百分比值计算所得含量略高；采用Dot Net C#语言编写数据分析模型。【结论】初步确定了未知样品内标进样量的参考范围，得出最优处理方法；采用响应值计算PLFA含量可避免由于百分比值缺失带来的误差；校准系数的引入可减少仪器参数条件改变等因素带来的误差；通过编写谱图数据分析程序获得一定自动化操作，提高了数据分析效率和准确性。