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微生物学通报

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  • 1  九龙江河口及厦门污水处理设施抗生素抗性基因污染分析
    何基兵 胡安谊 陈猛 胡友彪 于昌平
    2012, 39(5):0683-0695.
    [摘要](19351) [HTML](0) [PDF 760.88 K](5548)
    摘要:
    【目的】近年来由于抗生素的滥用, 导致了多药物抗性超级细菌的产生, 有关抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes, ARGs)在环境介质中分布、迁移和扩散已经引起人们的广泛关注。针对九龙江河口及厦门污水处理设施抗生素抗性基因污染情况开展研究。【方法】通过定性PCR研究九龙江河口水体、沉积物和厦门污水处理设施活性污泥中4种磺胺类、13种四环素类ARGs及2种整合子基因的污染情况, 并选择四环素类tet(W)基因进行克隆文库测序分析。【结果】除tet(O)和tet(S)外, 其他基因均被检出。不同环境介质中的ARGs及整合子基因检出率为活性污泥(0.86)>沉积物(0.57)>水体(0.24)。在淡水和淡盐水中, sul(l)、int(1)、tet(A)、tet(C)、tet(E)、tet(M)和tet(W)的检出率要高于海水, 表明九龙江上游可能是ARGs的污染源之一。【结论】主成分分析表明污水处理设施是ARGs的高发载体; 沉积物是ARGs的稳定载体; 而水体中的ARGs易于分解。此外, tet(W)基因克隆文库分析表明, 厦门污水处理设施也可能是九龙江河口及厦门沿岸的ARG污染源。
    2  实时荧光定量PCR中内参基因的选择
    赵文静 徐洁 包秋华 陈永福 张和平
    2010, 37(12):1825-1829.
    [摘要](17524) [HTML](0) [PDF 791.56 K](27289)
    摘要:
    实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法, 在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象, 应用实时荧光定量PCR技术, 评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性, 通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析, 结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定, 结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh, 适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。
    3  SCI收录的微生物科学期刊信息
    李 红
    2008, 35(6):0967-0976.
    [摘要](15258) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](13244)
    摘要:
    以SCI期刊引用报告JCR最新网络版 (2006年) 为依据, 对其收录的88种微生物科学期刊进行了统计分析。结果显示:这88种期刊由美、英、荷兰、德和日本等16个国家用3种语言出版, 且主要语言是英语; 年均载文量165篇, 平均被引频次5226.64次; 影响因子、即时指标和被引半衰期的平均值分别为3.154、0.45和5.84年。最后根据影响因子的大小, 列出影响因子超过2.0的55种核心期刊相关信息。
    4  iTRAQ结合2D LC-MS/MS技术在草菇不同生长发育时期蛋白质组分析中的应用
    刘靖宇 江玉姬 谢宝贵 陈炳智 廖伟 邓优锦
    2012, 39(6):0853-0864.
    [摘要](12711) [HTML](0) [PDF 1.10 M](6720)
    摘要:
    【目的】旨在采用iTRAQ标记结合二维液相色谱串联质谱技术对草菇不同生长发育阶段的差异蛋白质组进行研究。【方法】首先将提取的草菇不同生长阶段蛋白样品进行SDS-PAGE分析, 其次将经二维液相色谱串联质谱技术获取的串联质谱数据通过MASCOT软件搜库, 之后对鉴定蛋白质数据进行了主成分分析(Principal component analysis, PCA)、层次聚类(Hierarchy clustering)分析、K-均值(K-means)聚类和Gene Ontology (GO)注释分析。【结果】试验结果显示, 共计获得2 335个不同肽段, 鉴定到1 039个蛋白质, 其中1 030个蛋白质具有定量信息。在子实体阶段中显著上调蛋白质64个, 下调蛋白质150个。生物信息学分析表明, iTRAQ标记技术结合二维液相色谱串联质谱可对不同生长发育时期的草菇蛋白样品进行有效地分离和鉴定。【结论】这一研究结果为深入研究草菇乃至其他大型担子菌子实体形成和发育的分子机制提供借鉴。
    5  土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法
    葛芸英 陈 松 胡 兰 凃 政
    2008, 35(1):131-136.
    [摘要](8851) [HTML](8) [PDF 0.00 Byte](14130)
    摘要:
    获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一。实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQTM系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取, 结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法。另外尝试将16S rDNA 序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment length polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中, 证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具。
    6  抗菌活性海洋真菌HN4-13的鉴定及其发酵优化
    郭雷 朱文成 刘玮炜 丁国伟 张越乾 张守禄 邱月 谢宇
    2013, 40(6):951-958.
    [摘要](7214) [HTML](0) [PDF 11.37 M](21885)
    摘要:
    【目的】鉴定一株来源于连云港近岸海域沉积物并具有分泌抗菌活性代谢产物的真菌菌株HN4-13, 优化其合成抗菌活性物质的发酵条件。【方法】通过形态学观察及ITS 序列分析方法对菌株HN4-13进行鉴定; 通过基础发酵培养基筛选、碳氮源及无机盐的单因素试验, 继而采用正交试验设计优化其合成抗菌活性物质的发酵条件。【结果】菌株HN4-13被鉴定为黄柄曲霉(Aspergillus flavipes), 其分泌抗菌活性产物的发酵条件为: 4%蔗糖、0.5%蛋白胨、0.1% KCl、0.06% NaH2PO4、28 °C、1%接种量、160 r/min培养9?d。【结论】实验结果为进一步分离纯化菌株HN4-13所产抗菌活性代谢产物提供了基础。
    7  嗜热枯草芽孢杆菌普鲁兰酶基因的表达与重组酶的性质
    韩鹏 周鹏 闫巧娟 杨绍青 江正强
    2011, 38(12):1755-1761.
    [摘要](7111) [HTML](0) [PDF 627.26 K](4762)
    摘要:
    克隆嗜热枯草芽孢杆菌WY-34普鲁兰酶基因并在大肠杆菌中进行表达, 对重组酶进行纯化和酶学性质研究, 根据枯草芽孢杆菌的普鲁兰酶蛋白序列, 设计PCR引物对WY-34的普鲁兰酶基因进行克隆及异源表达。对表达蛋白的最适pH、pH稳定性及最适温度、温度稳定性等特性进行研究, 并测定重组普鲁兰酶的底物特异性。将普鲁兰酶基因pluA克隆及分析序列后, 发现基因长度为2.2 kb, 编码718个氨基酸, 在大肠杆菌中异源表达。通过Ni-IDA亲和层析一步纯化得到比活力为93.2 U/mg的纯酶, SDS-PAGE和凝胶层析测定的分子量分别为76.2 kD和74.3 kD。酶学性质研究表明, 该酶的最适温度为40 °C, 在温度不高于45 °C条件下稳定; 最适pH为6.0, 同一温度下pH 6.0?9.0范围内处理30 min可以保持80%以上的酶活力, 此酶对普鲁兰糖有很强的底物特异性。此重组普鲁兰酶的酶学性质表明此酶具有一定的工业化应用价值。
    8  c-di-GMP信号途径对细菌致病性的调控作用
    管文静 吴茂森 何晨阳
    2009, 36(3):0427-0431.
    [摘要](6649) [HTML](0) [PDF 420.16 K](9077)
    摘要:
    环鸟苷二磷酸(c-di-GMP)是一种广泛存在于细菌中的新型第二信使。鸟苷酸环化酶(DGC)和磷酸二脂酶(PDE)分别控制了c-di-GMP的合成和降解, 其中DGC活性由GGDEF结构域决定, PDE活性由EAL和HD-GYP结构域决定。c-di-GMP调控着细菌多种生物学功能, 抑制毒性因子产生和运动性, 促进生物膜形成。c-di-GMP下游是一个包括转录、翻译以及翻译后等多层次的复杂调控网络。本文结合本室有关水稻白叶枯病菌的研究结果, 综述近年来国内外在c-di-GMP研究领域的最新进展。
    9  一种纤维素分解菌鉴别培养基
    叶姜瑜;
    1997, 24(4).
    [摘要](6586) [HTML](9) [PDF 0.00 Byte](3636)
    摘要:
    一种新的鉴别性纤维素刚果红培养基,含酸洗纤维素为唯一碳源和染料刚果红,产纤维素酶菌株在其上形成浓郁红色水解圈,明显区别于其它微生物类群,方便纤维素分解菌的筛选和计数。
    10  具有ACC脱氨酶活性的杜仲内生细菌的分离鉴定及其抗菌活性
    龚凤娟 恩特马克·布拉提白 张宇凤 吾鲁木汗·那孜尔别克
    2011, 38(10):1526-1532.
    [摘要](6207) [HTML](0) [PDF 526.16 K](4942)
    摘要:
    采用富集筛选法从杜仲根中分离到5株具有ACC脱氨酶活性的内生细菌, 利用纸片法测定它们的抑菌活性, 通过形态特征、生理生化试验和16S rRNA序列分析对分离菌株进行鉴定。结果显示, 5株杜仲内生细菌均具有较高的ACC脱氨酶活性, 其中4株菌对大肠杆菌CGMCC1.1103和枯草芽孢杆菌CGMCC1.769均有较好的抑菌活性, 通过生理生化试验和16S rRNA序列分析, 将菌株JDM-2、JDM-8、JDM-11、JDM-14和JDM-19分别鉴定为Pseudomonas koreensis、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、路德维希肠杆菌(Enterobacter ludwigii)、变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)和阿氏肠杆菌(Enterobacter asburiae)。
    11  木质纤维素固体基质发酵物中半纤维素、纤维素和木素的定量分析程序
    王玉万; 徐文玉;
    1987, 14(2).
    [摘要](6192) [HTML](7) [PDF 0.00 Byte](3414)
    摘要:
    拟定了木质纤维素固体基质发酵物中半纤维素、纤维素和木素的定量分析程序。本程序是将中性洗涤剂法、2M盐酸水解法、72%硫酸水解法、地衣酚比色定糖法和蒽酮比色定糖法加以综合应用而成,在具有一般化学分析条件的实验室都可使用。本程序可以同时进行多个试样的分析。因此,对于进行对比性探讨发酵物中半纤维素、纤维素和木素的含量及其转化动力学的研究,本程序尤其实用。
    12  pNPG法测定纤维素酶系中β-葡萄糖苷酶
    姚卫蓉; 丁霄霖;
    1998, 25(3).
    [摘要](5073) [HTML](8) [PDF 0.00 Byte](2320)
    摘要:
    本文报道快速测定β-葡萄糖昔酶活力的方法。此法以pNPG为底物,利用β-葡萄糖苷酶将其分解成pNP及葡萄糖,而pNP在碱性条件下显色的原理测定酶活。通过对各测定条件的研究,确定了测定方法。
    13  尼罗红染色法筛选产油酵母及定量检测胞内油脂含量的研究
    林义 钟添华 骆祝华 黄翔玲 叶德赞
    2012, 39(1):0125-0137.
    [摘要](4971) [HTML](0) [PDF 1.21 M](9229)
    摘要:
    【目的】建立产油酵母筛选以及胞内油脂含量测定的简便方法。【方法】利用尼罗红与胞内油脂成分结合后在紫外光照射下发出荧光且荧光强弱与油脂含量相关的原理。通过在添加尼罗红的培养基中培养酵母, 并观察菌落荧光的方法对385株深海酵母进行产油脂菌株筛选, 利用26S rDNA D1/D2区序列分析方法对筛选获得的产油酵母菌株进行鉴定, 并以其中的一株高产油脂酵母(2A00015)为试验菌株, 建立了一套尼罗红染色快速测定油脂含量的方法。【结果】获得22株产油酵母, 其中油脂含量最高可达62.9%, 经分子鉴定后显示这22株酵母分别属于(Candida viswanathii)、近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis)、粘质红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)、汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、季也蒙毕赤酵母(Pichia guilliermondii)以及Rhodosporidium paludigenum酵母。尼罗红染色快速测定油脂含量方法的最佳检测条件为: 菌悬液OD600小于1.2, 尼罗红浓度0.5 mg/L, 染色时间5 min, 激发波长488 nm, 发射波长570 nm。该测定方法得到相对荧光强度与称重法得到油脂含量呈正相关性, R2=0.9637。
    14  具抗菌活性海洋放线菌菌株JMC 06001的分离和鉴定
    陈义光 张晓蓉 张 丽 刘祝祥 彭德姣 肖怀东 黄 苛 陈奇辉 徐丽华
    2008, 35(1):40-44.
    [摘要](4919) [HTML](7) [PDF 0.00 Byte](8037)
    摘要:
    从湛江硇洲岛高盐泥样中分离到一株微嗜盐放线菌JMC 06001, 该菌株的发酵产物具有很强的抗菌活性。菌株JMC 06001在多数培养基上生长良好, 气生菌丝白色, 基内菌丝淡黄色至浅棕色。在燕麦琼脂 (ISP 3)、甘油-天门冬酰胺琼脂 (ISP 5)、葡萄糖-天门冬酰胺琼脂及马铃薯浸汁琼脂上产生黄色可溶性色素, 在酵母膏-麦芽膏琼脂 (ISP 2)、蛋白胨酵母膏铁盐琼脂 (ISP 6)和营养琼脂上产生棕色可溶性色素。生长温度范围为4℃~40℃, 最适生长温度28℃。生长pH 范围为6.0~9.0, 最适pH 7.0。能在含0~1.5 mol/L NaCl的培养基上生长, 最适生长盐浓度为0.2~0.5 mol/L NaCl。根据其形态学特征、生理生化特征、细胞化学分类特征和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析结果, 菌株JMC 06001被鉴定为链霉菌属(Streptomyces)的有效发表种波赛链霉菌(S. peucetius)的一个菌株。
    15  一种光学显微镜下观察原生质体的染色方法
    杨世辉;方呈祥;张珞珍
    2000, 27(1).
    [摘要](4906) [HTML](8) [PDF 0.00 Byte](3260)
    摘要:
    Brevibacterium lactofermentum菌液经溶菌酶处理后分别与4种微生物染色液混合,在光学显微镜下比较观察原生质体形态的效果。结果表明;染色样品中的原生质体比未经染色的形态清晰易观察,而且显微照相效果好;其中使用草酸铵结晶紫和复红染色液的效果更佳。该方法程序简单、操作方便、效果明显,还适用于悬滴法观察菌体形态和细菌运动方式。
    16  微生物在近海氮循环过程的贡献与驱动机制
    龚骏 张晓黎
    2013, 40(1):44-58.
    [摘要](4868) [HTML](0) [PDF 652.24 K](6615)
    摘要:
    人类活动导致海岸带氮超载而富营养化, 进而引起更多的生态环境问题。在全球变化背景下, 进一步揭示微生物驱动的氮循环过程的驱动机制及贡献, 对评价与预测近海生态系统服务功能变化、管理决策等至关重要。本文介绍了固氮、氨化、硝化、反硝化、硝酸盐铵化、厌氧氨氧化过程在近海多种生境沉积物中的生物地球化学(速率、通量、贡献)与微生物生态学(功能类群丰度)特征及时空变化规律, 阐述温度、溶氧、盐度、活性溶解有机碳、无机氮、沉水植物、底栖动物活动等因素对各过程速率的影响及对各竞争性类群或过程(氨氧化细菌/氨氧化古菌, 反硝化/硝酸盐铵化/厌氧氨氧化)的调控机制, 并简析了海岸带微生物氮循环研究所面临的机遇与挑战。
    17  荚膜唾液酸对猪链球菌激活巨噬细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路影响的研究
    朱静 胡丹 刘丽娜 张锦海 张凤玉 郝丽娜 耿美玲 郑峰 朱进 潘秀珍 王长军
    2013, 40(6):1058-1067.
    [摘要](4820) [HTML](0) [PDF 15.50 M](11833)
    摘要:
    【目的】探索猪链球菌2型感染后单核/巨噬细胞启动信号转导通路机制, 探讨荚膜唾液酸对细菌激活巨噬细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路的影响。【方法】以小鼠巨噬细胞系RAW264.7细胞为研究对象, 采用RT-PCR、Western blotting、免疫荧光和ELISA法分别检测猪链球菌2型野毒株、唾液酸缺失突变株、唾液酸回复突变株感染后不同时间点巨噬细胞TLR2 mRNA转录水平、AKT磷酸化水平、NF-κB激活程度以及前炎症因子TNF-α分泌水平; 再分别用TLR2阻断剂和PI-3K抑制剂预处理巨噬细胞, 检测上述分子的表达水平。【结果】唾液酸缺失株可选择性的活化信号转导通路途径。RT-PCR结果表明, 缺失株TLR2 mRNA表达水平自1 h开始升高, 1.5 h达高峰后有所下降; Western blotting显示, 缺失株TLR2蛋白表达水平7 h达高峰, 9 h下降; p-AKT 水平1.5?5 h持续稳定在高峰水平, 7 h后开始下降; 免疫荧光可见15 min NF-κB激活-核转运程度较高; ELISA结果显示, 10 h之后TNF-α的水平显著高于野生株和回复株。使用TLR2阻断剂和PI-3K抑制剂, 三菌株通路活化程度均明显受抑制。【结论】荚膜唾液酸可抑制宿主免疫细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路的激活, 藉此参与细菌逃避宿主的免疫防御作用。
    18  乳酸菌抗菌机理研究进展
    李铁军; 李爱云; 张晓峰;
    2002, 29(5).
    [摘要](4798) [HTML](6) [PDF 0.00 Byte](5597)
    摘要:
    乳酸菌的抗菌机理涉及其产生的各种代谢产物 ,包括酸性物质、乳酸菌素、二氧化碳和过氧化氢等。其中酸性物质可以消耗大量细胞能量并影响细胞膜的稳定性 ;乳酸菌素可作用于细胞膜 ,造成膜内物质和能量的泄漏。对于它们抗菌机理的认识有助于我们更好的将乳酸菌应用到食品的安全生产中。
    19  以SecA蛋白为“动力泵”的细菌Sec蛋白转运途径
    赵莉莉 余利岩
    2008, 35(7):1119-1123.
    [摘要](4750) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](5122)
    摘要:
    细菌细胞中, 三分之一的蛋白质是在合成后被转运到细胞质外才发挥功能的。其中大多数蛋白是通过Sec途径(即分泌途径 secretion pathway)进行跨膜运动的。Sec转运酶是一个多组分的蛋白质复合体, 膜蛋白三聚体SecYEG及水解ATP的动力蛋白SecA构成了Sec转运酶的核心。整合膜蛋白SecD, SecF 和YajC 形成了一个复合体亚单位, 可与SecYEG相连并稳定SecA蛋白的膜结合形式。SecB是蛋白质转运中的伴侣分子, 可以和很多蛋白质前体结合。SecM是由位于secA基因上游的secM基因编码的, 可调节SecA蛋白的合成量, 维持细胞在不同环境条件下的正常生长。新生肽链的信号肽被高度保守的SRP特异性识别。伴侣分子SecB通过与细胞膜上的SecA二聚体特异性结合将蛋白质前体引导至Sec转运途径, 起始转运过程。结合蛋白质前体的SecA与组成转运通道的SecYEG复合体具有较高的亲和性。SecA经历插入和脱离细胞内膜SecYEG通道的循环, 为转运提供所需的能量, 每一次循环可推动20多个氨基酸的连续跨膜运动。
    20  细菌“活的不可培养状态”的生态意义及研究进展
    王秀娟 朱 琳 陈中智 李 宇
    2008, 35(12):1938-1942.
    [摘要](4748) [HTML](0) [PDF 404.27 K](4989)
    摘要:
    “活的不可培养(VBNC)”状态是细菌在不良条件下的一种生存方式。VBNC状态作为细菌的一种生理状态, 对传统微生物学产生了深远的影响。进入VBNC状态的细胞发生了一系列变化, 无法继续用常规培养方法检测, 在医学健康、环境科学等领域产生了巨大的影响, 改进检测方法具有重要的意义。本文介绍了进入VBNC状态细菌在DNA、蛋白质组成等方面发生的变化, 复苏过程, 同时还介绍了VBNC状态的最新检测方法, 最后对VBNC状态未来的研究方法进行了讨论。

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